FFPE样本蛋白质谱检测可行性

　　随着质谱技术(特别是DIA/SWATH和TMTpro)及样本前处理方案的成熟，从FFPE组织中提取的蛋白质在鉴定数量、定量准确性和生物学相关性上已能媲美甚至部分超越新鲜冷冻(Fresh Frozen, FF)样本。

　　关键技术流程与优化方案

　　要实现高质量的FFPE质谱检测，必须采用专门的前处理流程：

　　A. 脱蜡与复水

　　使用二甲苯或环保脱蜡剂去除石蜡。

　　梯度乙醇复水。

　　注意：务必彻底去除石蜡，否则会堵塞色谱柱并抑制离子化。

　　B. 高温抗原修复(关键步骤)

　　原理：利用高温(95℃-100℃)和特定缓冲液(如Tris-EDTA, pH 9.0 或碳酸氢铵)破坏亚甲基交联。

　　进展：相比传统的室温提取，高温高压(类似微波炉或高压锅处理)能显著增加可提取蛋白量和肽段数量。

　　C. 酶解策略优化

　　双酶解：常联合使用Lys-C和Trypsin，或添加其他蛋白酶(如Glu-C)，以提高对交联区域的切割效率。

　　延长酶解时间：有时需过夜甚至更长时间以确保充分酶解。

　　去污剂辅助：使用SDS或新型表面活性剂(如PPS Silent Surfactant)辅助裂解，随后通过FASP(滤膜辅助样品制备)或SP3(单管固相肽段纯化)方法去除去污剂。

　　D. 质谱采集模式推荐

　　DIA (Data-Independent Acquisition)：首选。由于FFPE样本可能存在部分降解或修饰异质性，DIA的全数据采集特性提供了更好的重复性和回溯能力，能更稳定地定量低丰度蛋白。

　　TMTpro：适合多组别比较，能有效校正样本间的制备误差。

       来源：网络