土壤宏基因组测序标准化送样与实验建议

　　土壤宏基因组测序(Soil Metagenomic Sequencing)是一种无需分离培养，直接从土壤环境样本中提取全部微生物DNA进行高通量测序的技术。由于一克健康土壤中就生活着数百万种生物，土壤宏基因组能够全面揭示复杂微生物群落的物种组成、系统进化、基因功能及代谢网络。

　　标准化送样与实验建议

　　由于土壤基质极其复杂，且含有大量PCR及文库制备抑制剂，规范的采样与DNA提取是成功的关键：

　　送样量标准：

　　二代宏基因组测序：建议送样量 3g，z低送样量 1g。

　　三代宏基因组测序：建议送样量 6g，z低送样量 2g。

　　生物学重复要求：自然环境土壤样本个体差异大，为保证统计学意义，至少需要设置 3个 生物学重复，强烈推荐 5个 以上。

　　前处理挑战：土壤微生物DNA提取面临杂质多、高质量DNA获取难的挑战。目前实验室常采用密度梯度分离、洗涤步骤或全自动DNA提取仪器，以去除腐殖质等抑制剂，获取纯净的细胞悬液和高质量大片段DNA。

       来源：网络