代谢组学LC-MS/MS典型工作流程

　　代谢组学是系统生物学研究的重要组成部分，旨在对生物体内所有小分子代谢物(通常<1500 Da)进行定性和定量分析。LC-MS/MS(液相色谱-串联质谱)因其高分辨率、高灵敏度和广泛的动态范围，已成为代谢组学研究的绝对主力技术平台。

　　代谢组学LC-MS/MS典型工作流程

　　样本前处理：

　　提取(常用甲醇/乙腈/水混合溶剂)。

　　蛋白沉淀。

　　离心、上清液转移、稀释(必要时)。

　　数据采集：

　　非靶向：使用Q-TOF或Orbitrap在全扫描和MS/MS(DDA/DIA)模式下运行样本。通常需要分别在正离子和负离子模式下各跑一次，以确保z大覆盖度。

　　靶向：使用QQQ在MRM模式下运行样本，同时分析数十到数百种预先定义好的代谢物。

　　数据处理：

　　非靶向：

　　峰提取、对齐、归一化(使用软件如MS-DIAL， XCMS， Progenesis QI等)。

　　代谢物鉴定：通过与标准品数据库比对保留时间、精确质量数和MS/MS碎片谱图(z可靠)，或仅基于精确质量和MS/MS谱图在公共数据库(如HMDB， MassBank)中进行搜索。

　　靶向：使用仪器软件(如Skyline， MassHunter， MultiQuant)直接对MRM峰进行积分和定量。

　　统计分析：

　　无监督分析：主成分分析(PCA)。

　　有监督分析：偏z小二乘判别分析(PLS-DA)，正交偏z小二乘判别分析(OPLS-DA)。

　　寻找差异表达的代谢物。

       来源：网络