转录组代谢组联合分析方法

　　转录组-代谢组联合分析(Transcriptomics-Metabolomics Integrated Analysis)是系统生物学中解析“基因表达调控如何影响代谢表型”的核心策略，广泛应用于植物逆境响应、疾病机制、药物作用、微生物发酵、食品营养等领域。

　　通过整合mRNA水平变化(转录组)与小分子代谢物丰度变化(代谢组)，可构建“基因–酶–代谢物”调控网络，揭示生物学过程的上游驱动机制与下游功能输出。

　　关键分析方法

　　1. 通路映射与富集关联(Pathway-Centric Integration)

　　步骤：

　　转录组：KEGG/GO 富集分析;

　　代谢组：KEGG/PlantCyc/MetaCyc 通路注释;

　　取交集通路：如“黄酮合成通路”中既有结构基因上调(CHS、FLS)，又有槲皮素、山奈酚积累。

　　工具：

　　MetaboAnalyst(支持 transcript-metabolite joint pathway analysis)

　　KEGG Mapper(Search&Color Pathway)

　　注意：需统一物种数据库(如拟南芥用 AraCyc，人用 HMDB)。

　　2. 相关性网络分析(Correlation-Based Integration)

　　原理：计算 DEGs 与 DAMs 的Pearson/Spearman 相关系数，构建共表达网络。

　　筛选条件：

　　|r| > 0.8，p < 0.05;

　　基因与代谢物在同一通路;

　　可视化：

　　Cytoscape(生成“基因-代谢物”互作网络);

　　展示正相关(激活)或负相关(抑制)关系。

　　示例：

　　PAL 基因表达 ↑ ↔ 肉桂酸含量 ↑(r=0.92)→ 支持 PAL 是限速酶。

　　3. 高级多组学整合模型

       来源：网络